Đoàn trường là nơi tổ chức nhiều hoạt động ý nghĩa, bổ ích góp phần hướng đến mục tiêu giáo dục toàn diện học sinh. Bên cạnh những mảng hoạt động đặc trưng của tổ chức Đoàn: triển khai cho đoàn viên – học sinh phong trào “Học và làm theo lời Bác”, phong trào “Học sinh 3 tích cực”, phong trào “Xây dựng hình mẫu thanh niên trong thời kì mới”, “Chương trình rèn luyện đoàn viên trong thời kỳ mới”, cuộc vận động “4 xây – 3 chống”, các phong trào xung kích – đồng hành, chiến dịch tình nguyện Hoa phượng đỏ,… Đoàn trường THPT Trần Khai Nguyên còn có những hoạt động đặc thù: Thường xuyên tổ chức hoạt động từ thiện xã hội, tổ chức sân chơi văn hoá văn nghệ - thể dục thể thao xuyên suốt cả năm học cho học sinh 3 khối có những khoảng khắc đẹp. Những hoạt động nổi bật của Đoàn trường để lại dấu ấn khó quên cho học sinh có thể kể đến: Ngày hội đón học sinh lớp 10, Hội thi tuyển chọn tài năng học sinh Trần Khai Nguyên, Hội xuân, đêm văn nghệ “Xuân yêu thương”, Hội trại “Khi tôi 18” và lễ tri ân trưởng thành dành cho học sinh khối 12.
BCH Đoàn trường hằng năm gồm 11 học sinh ưu tú, nhiệt huyết với hoạt động Đoàn, không những đảm bảo được việc học tập để đạt được thành tích tốt nhất, BCH Đoàn trường còn lươn giữ vững thành tích hoạt động chung là luôn là lực lượng đi đầu trong mọi hoạt động.
Dưới sự lãnh đạo của Đoàn trường nhiều CLB – Đội – Nhóm được thành lập và hoạt động hiệu quả, góp phần tạo sân chơi bổ ích cho học sinh toàn trường: CLB kỹ năng và công tác xã hội Ong Thợ, CLB cheerleading Warriors, nhóm kịch, đội văn nghệ,…
Trong nhiều năm qua, cùng với sự phát triển lớn mạnh không ngừng của nhà trường, Đoàn trường THPT Trần Khai Nguyên cũng khẳng định vị trí vững chắc của mình trong công tác đoàn và phong trào học sinh của thành phố với:
+ 7 năm liên tục nhận Bằng khen TW Đoàn về việc đã hoàn thành xuất sắc công tác đoàn các năm học: 2009 – 2010, 2010 – 2011, 2011 – 2012, 2012 – 2013, 2013 – 2014, 2014 – 2015, 2015 – 2016.
+ 4 năm liên tục nhận Giáy khen của Giám đốc Sở Giáo dục và Đào tạo về việc đã hoàn thành xuất sắc phong trào học sinh sinh viên các năm học 2010 – 2011, 2011 – 2012, 2012 – 2013, 2013 – 2014
+ Liên tục nhận Bằng khen TW Đoàn và bằng khen Thành Đoàn TP Hồ Chí Minh về việc hoàn thành xuất sắc chiến dịch tình nguyện hè các năm 2013, 2014, 2015, 2016.
+ Năm học 2015 – 2016 Đoàn trường THPT Trần Khai Nguyên nhận cờ thi đua là đơn vị xuất sắc 3 năm liền của Thành Đoàn TP Hồ Chí Minh.
Hình ảnh hoạt động nổi bật:
