Trường THPT Trần Khai Nguyên là một đơn vị giáo dục cùng với Sở GDĐT và 4 trường THPT khác trên địa bàn thành phố vừa được UBND TP.HCM công nhận là đơn vị học tập cấp thành phố năm 2023 và được xếp loại mức cao nhất - mức tốt. Trong đó, trường THPT Trần Khai Nguyên là 1 trong 4 đơn vị của cả thành phố đạt điểm tuyệt đối 100 điểm (cùng với Sở Nội vụ, Sở GDĐT và trường THPT Nguyễn Khuyến).